在水體底部生態(tài)修復過程中，生物多樣性的恢復被認為是水體底部生態(tài)修復效果的重要指標之一。生態(tài)系統(tǒng)恢復工作的目標是使退化的環(huán)境恢復到與原始狀態(tài)相似的狀態(tài)。研究表明，水生植被可以在三個月內顯著改善濕地沉積物中的細菌群落結構和特定酶活性。
綜述了沉水植物在改善城市水沙中的研究進展，重點關注沉水植物在城市水沙修復過程中的氧化還原特性、污染物去除率和生態(tài)重建等方面的好處。但是，沉水植物在城市水體整治中的應用還存在很多問題需要注意：
（1）沉水植物修復水體的效率和工藝參數(shù)不明確；泥漿修復對水體和沉積物的理化性質和生境改善效果尚不清楚，沉積物和水體的DO和OKP變化、吸收凈化效率值、吸附和微生物協(xié)同凈化等一系列工藝參數(shù)效率和邊界條件仍然是空白。 .
(2) 常用的沉水植物耐環(huán)境沖擊性較弱。沉水植物抗污染負荷、水力沖刷、抗低溫能力較弱，在合流、溢流污染較大的水體中不易生存。在北方地區(qū)，越冬能力較差，如果植物死亡，如果不進行有效搶救，內源性污染將進一步增加。
(3)修復過程緩慢。由于缺乏合適的電子供體或受體，微生物活性有限，植物-微生物協(xié)同修復過程相對緩慢，周期長，應用效果不理想。
（4）植物、微生物或功能材料修復水體的研究較多，多集中于水質改善的研究，而水體與沉積物聯(lián)合修復的研究較少。植物-微生物功能關于恢復水體和沉積物的材料功效的報告甚至更少見。